Песнь вторая. Казнь Кочубея

Кочубей находится в заключении. Его допрашивают и пытают, пытаясь узнать, где спрятаны его сокровища и кто ещё участвовал в доносе.

К старому пленнику приходит Орлик, приближённый Мазепы. Кочубей понимает, что надежды на спасение почти нет.

Тем временем Мария живёт с Мазепой и любит его. Она замечает, что гетман постоянно занят тайными делами, но не знает всей правды.

В одном из важных разговоров Мазепа пытается выяснить, кого Мария любит больше — его или собственного отца. Девушка, ослеплённая любовью, выбирает Мазепу.

Гетман всё же не говорит ей, что Кочубей уже приговорён к смерти.

Ночью к Марии тайно приходит её мать. Она сообщает дочери, что отца должны казнить, и просит помочь спасти его. Мария в ужасе: только теперь она понимает, что Мазепа допустил гибель её отца.

Мать и дочь спешат к месту казни, но приходят слишком поздно. Кочубей и Искра уже обезглавлены.

После этого потрясения Мария исчезает.

Главное: любовь Марии к Мазепе сталкивается с страшной правдой, а семейная трагедия достигает кульминации.